A 19. század elején, a napóleoni háborúk idején az osztrákok egy francia ménesbőltöbb fiatal lovat zsákmányoltak, köztük egy Nonius nevű világospej, anglo-norman mént is, melyet 1816-ban Mezőhegyesre osztottak be. Ő lett Nonius Senior, a fajta "ősapja". 17 éven át állt tenyésztésben, ez idő alatt 368, vegyes fajtájú kancát fedezett, és született utána 79 mén és 122 kancacsikó. A kancák között voltak arab telivérek és spanyol-nápolyi származásúak is. Nonius Senior nem volt feltűnően szép ló, de ezekkel a kancákkal sikerült olyan utódokat létrehozni, amelyek megfeleltek a tenyésztési célnak, amely egy erős testfelépítésű katonai hátas és hámos lófajta kialakítása volt. 15 törzsmén fia összesen 100 tenyészéven keresztül fedezett Mezőhegyes-en.

A nóniuszokkal eleinte szoros rokontenyésztést űztek, hogy rögzítsék tulajdonságaikat. A kialakult küllemi hibák kiküszöbölésére angol telivér ménekkel végzett cseppvérkeresztezést alkalmaztak. A kiegyezés után, a 19. század végén Mezőhegyesen fedezett az a négy mén, amelyek utódaikon keresztül több generáción át rögzítették és alakították a fajtát. 1943-ra az összes fajtatiszta nóniusz mén származása ezeknek a méneknek a genealógiai vonalára vezethető vissza, amelyet akkor neveztek el A, B, C és D vonalnak. A vonalak segítségével kerülték el a további szoros rokontenyésztést. Ez a besorolás mind a mai napig fennmaradt annak ellenére, hogy 1965-ben a törzsmének számozását újból 1-gyel kezdték, tekintet nélkül a korábbi vonalbeosztásra. 1961-ben a mezőhegyesi állományt a Hortobágyra telepítették.

A második világháború után a nóniusz mint katonaló elveszítette szerepét, és főleg az Alföldön mint igásló vált kedveltté. A mezőgazdaságból is lassan kiszorultak, és számuk ezzel együtt rohamosan csökkent. 1989-ben alakult meg a Nonius Lótenyésztő Országos Egyesület, amely a fajtatiszta tenyésztést és a génmegőrzést tűzte ki elsődleges célul. Talán a legkedvezőbb helyzetben van lófajtáink közül, mert régi nagy ménesei megmaradtak, eredeti kancacsaládjai fellelhetők.